Pour une raison encore inconnue, l'humanité vit sous terre. Simon un jeune garçon travaille en tant que foreur. Un jour, en creusant la terre, il découvre une sorte de visage géant. Quand il décide de le montrer à son frère d'âme Kamina, ce monstre s'éveille... Ils sont alors sauvé par une jeune fille, à fort argument mammaire. Tant bien que mal, ils s'en sortiront finalement grâce un petit mecha en forme de visage, que Simon pilotera, et parviendront à monter à la surface. On y apprend alors que l'humanité est opprimée par des hommes-bêtes pilotant des Gunmen, et que certains humains organisent une résistance pour survivre,
parmi eux, Yoko, la fille qui les a secourus. Folie des grandeurs oblige, Kamina réussira à s'approprier un Gunmen, qu'il baptisera Gurren, pour former un duo avec le petit mecha de Simon, le Lagann. Après avoir repoussé plusieurs attaques des hommes-bêtes, grâce à la combinaison du Gurren et du Lagann, l'humanité a pris confiance dans leur nouveau leader Kamina... L'heure de la rébellion a sonné...